磷酸化是一种关键的翻译后修饰（PTM），在信号转导、细胞周期调控和疾病发生中扮演核心角色。为了系统地解析细胞内磷酸化事件的动态变化，磷酸化定量蛋白组学（Quantitative Phosphoproteomics）应运而生，成为现代生命科学研究中不可或缺的技术手段。在定量策略选择上，标记法（Labeling）与无标记法（Label-free）是两大主流路径。

一、什么是磷酸化定量蛋白组学？

磷酸化蛋白组学专注于检测和定量蛋白质上的磷酸化修饰位点，通常通过质谱（MS）技术与磷酸肽富集方法（如TiO₂、IMAC）相结合，捕捉低丰度且动态变化的磷酸化修饰。

定量策略是该领域的核心环节，直接决定了数据的可信度与生物学解释的深度。目前主流定量策略分为两类：

• 标记法（如TMT、iTRAQ、SILAC）
• 无标记法（Label-free quantification, LFQ）

二、标记法定量：精度高，适合多样本对比

1、原理简述

标记法通过在样本层面引入同位素或异构标签，实现不同样本在一个质谱运行中“混合分析，相对定量”的目的。常见方法包括：

• TMT/iTRAQ：化学标记，适用于组织/临床样本
• SILAC：代谢标记，多用于细胞实验

2、优势

• 高通量并行比较：一次最多可处理16个样本（如TMTpro 16plex），数据可比性强
• 分析重复性好：多个样本共同进入质谱分析，减少系统误差
• 适用于磷酸化等低丰度修饰：提高信噪比，有利于鉴定置信度提升

3、局限性

• 成本较高：TMT/iTRAQ试剂昂贵，实验流程复杂
• 标签干扰问题（ratio compression）：影响真实差异的量化精度
• 对样本前处理要求高：需严格定量、混合，操作误差放大会影响最终结果

三、无标记法定量：灵活性高，适合大规模实验

1、原理简述

无标记法基于LC-MS/MS的信号强度（MS1层级）或谱图计数（spectral counting）进行定量，不依赖任何外源性标签。每个样本独立分析，后期通过数据处理实现定量比较。

2、优势

• 成本低，操作简便：无需额外的标记步骤，适用于预算有限的实验室
• 可拓展性强：样本数量不限，便于大规模队列研究
• 更真实的生物学差异反映：不存在标签压缩效应

3、局限性

• 技术重复性要求高：每个样本独立分析，仪器稳定性至关重要
• 对样本间系统误差更敏感：批次效应需谨慎控制
• 对磷酸化等低丰度修饰的灵敏度有限：需要更深的质谱采集和富集策略优化

四、该怎么选？看科研目标和样本特点

选择标记法还是无标记法，需综合考虑以下因素：

五、百泰派克生物科技的技术优势与解决方案

在实际项目中，磷酸化蛋白组学不仅要求定量策略合理，还需要从样本处理、磷酸肽富集、质谱采集到数据分析的全流程标准化与优化。

在百泰派克生物科技，我们围绕磷酸化定量构建了一整套高灵敏度、高重现性的技术平台：

• 定制化富集策略：基于TiO₂、Fe-NTA和IMAC等技术组合，显著提升磷酸肽鉴定覆盖率
• 多策略定量支持：支持TMT、SILAC和Label-free三种方案，适配不同实验需求
• 智能数据分析平台：结合MaxQuant、Perseus等软件，实现精确位点定位与功能注释
• QC全流程控制：包括酶解效率评估、富集前后检测、质谱波动监控，保障数据可靠性

无论是标记法还是无标记法，各有优势，关键在于研究目的、样本条件与预算可行性之间的平衡。科研人员在选择前应明确：

• 样本数量与重复设计
• 差异检测 vs 机制探索
• 实验预算与时间周期

如您对磷酸化蛋白组学研究有更深入的需求，欢迎与百泰派克生物科技联系，我们将根据您的课题特性，提供定制化的技术解决方案，助力高水平科研成果产出。

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百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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